A implementação prática do sistema HACCP segue uma metodologia constituída por 14 etapas sequenciais. Estas, estão directamente relacionadas com os 7 princípios, sendo adicionados alguns pré-requisitos necessários à implementação do sistema e que, correspondem à estruturação da equipa que vai desenvolver o estudo e planeamento do HACCP e à recolha de toda a informação de suporte necessária para a realização da análise de perigos.
As 14 etapas da metodologia HACCP são as seguintes:
Etapa 1 - Definição do âmbito de estudo do plano HACCP.
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Etapa 2 - Constituição da equipa HACCP.
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Etapa 3 - Descrição do produto para o qual se implementa o HACCP.
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Etapa 4 - Identificação do uso pretendido do produto para o qual se implementa o HACCP
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Etapa 5 - Construção do fluxograma de fabrico do produto para o qual se implementa o HACCP
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Etapa 6 - Confirmação do fluxograma de fabrico do produto
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Etapa 7 - Identificação e análise de perigos e das suas medidas preventivas (Princípio 1)
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Etapa 8 - Determinação dos pontos críticos de controlo (Princípio 2)
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Etapa 9 - Estabelecimento dos limites críticos de controlo para cada PCC (Princípio 3)
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Etapa 10 - Estabelecimento do sistema de monitorização para cada PCC (Princípio 4)
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Etapa 11 - Estabelecimento de acções correctivas (Princípio 5)
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Etapa 12 - Estabelecimento de procedimentos de verificação ao sistema HACCP (Princípio 6)
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Etapa 13 - Estabelecimento de registos e documentação do sistema HACCP (Princípio 7)
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Etapa 14 - Revisão do Plano HACCP
