O HACCP tem a vantagem de ser um sistema aplicável em todas as etapas de processamento do produto alimentar, desde a produção e preparação inicial até ao consumo, prevenindo de forma mais eficaz a probabilidade de ocorrência de problemas de toxinfecções alimentares ou outros problemas com origem nos alimentos.

Outras vantagens associadas à implementação destes sistemas para os clientes são:
- Cumprimento da legislação nacional e comunitária em vigor.
- Melhoria na qualidade dos produtos e serviços comercializados.
- Optimização dos recursos técnicos e humanos.
- Maior confiança perante as autoridades oficiais.
- Obtenção de vantagens competitivas relativamente a potenciais concorrentes.
- Melhoria da imagem da organização.
- Aumento da confiança dos clientes actuais e potenciais.